Covid-19 : face au variant Omicron, les outils de diagnostic toujours actifs – Fonds mondial

« La précision des tests moléculaires (PCR, NAAT) et des tests antigéniques rapides existants ne semble pas compromise par le variant Omicron (B.1.1.529) », a indiqué dans un communiqué ce Fonds basé à Genève, relevant que « le suivi des nouveaux variants, y compris Omicron, dépendent des capacités de test et de séquençage ».

Ces données préliminaires ont été menées par FIND, l'alliance mondiale pour le diagnostic, qui a procédé à une évaluation rapide des preuves disponibles dans le cadre du pilier Diagnostics de l'accélérateur d'accès aux outils Covid-19 (ACT), qu'elle codirige aux côtés du Fonds mondial, avec l'Organisation mondiale de la Santé (OMS).

« L'accès inéquitable aux outils de lutte contre le nouveau coronavirus - notamment les tests de diagnostic, les traitements, les vaccins et les équipements de protection individuelle - entrave gravement la réponse à la pandémie dans les pays à revenu faible ou intermédiaire. Non seulement cette situation est moralement inacceptable, mais elle crée également les conditions parfaites pour l'émergence et la propagation de nouveaux variants comme Omicron », a déclaré Peter Sands, Directeur exécutif du Fonds mondial.

Le variant Omicron présenterait plus de 30 mutations de la protéine spike

L'identification du variant Omicron a suscité des inquiétudes croissantes en raison du nombre inhabituellement élevé de mutations et de sa propagation rapide en Afrique du Sud. Selon le Fonds mondial, Omicron présente plus de 30 mutations dans ce qu'on appelle la protéine spike, qui est la clef que le virus utilise pour entrer dans la cellule.

Il s'agit du « double du variant Delta dominant », « ce qui a suscité des inquiétudes quant à l'efficacité du vaccin ». « Certaines de ces mutations ont été associées à une transmissibilité accrue et à la capacité des variants à échapper aux réponses immunitaires », a détaillé le Fonds mondial.

Dans ces conditions, la capacité des tests de diagnostic à détecter le variant Omicron est essentielle pour suivre sa propagation et mettre en place des mesures pour arrêter la transmission.

« Les analyses effectuées jusqu'à présent suggèrent que les tests rapides de détection de l'antigène (flux latéral) et les tests PCR de référence devraient encore détecter le variant », a fait remarquer le Fonds, précisant toutefois qu'une « vérification plus complète de cette hypothèse est en cours ».

Omicron pourrait avoir un avantage de croissance

Des preuves préliminaires suggèrent également que ce variant a une plus grande capacité à réinfecter les gens par rapport aux autres variants. L'Agence sanitaire mondiale de l'ONU a alerté lundi sur le « risque très élevé » que présentait Omicron.

Les données préliminaires suggèrent que le variant présente « un risque accru de réinfection », selon l'OMS. Mais il faudra « plusieurs semaines » pour connaître son niveau de transmissibilité et de virulence, juge encore l'organisation.

« Des travaux sont en cours pour évaluer correctement la menace qu'elle représente et la probabilité qu'elle soit à l'origine d'une nouvelle vague mondiale de Covid-19 », a fait remarquer le Fonds mondial.

Selon les médias, plusieurs laboratoires ont indiqué qu'avec un test PCR largement utilisé, l'un des trois gènes cibles n'est pas détecté (on parle alors d'absence d'amplification de la cible sur le gène S ou de négativité pour le gène S) et ce test peut donc être utilisé comme marqueur de ce variant, en attendant la confirmation par séquençage. En utilisant cette approche, le variant a été détecté à des taux plus rapides que les poussées d'infections précédentes, ce qui incite à penser qu'il peut avoir un avantage de croissance.

Le défi de taux de dépistage « étonnamment bas » dans certains pays

Par conséquent, la précision globale de la PCR pour les tests comportant plusieurs cibles génétiques ne risque pas d'être affectée.

Selon le Fonds mondial, la cible manquante du gène S peut même servir de marqueur de substitution pour le nouveau variant dans les tests qui ciblent ce gène, puisque le variant Delta actuellement dominant est positif au gène S en PCR. L'abandon du gène S a permis un dépistage opportun du variant Omicron dans certaines régions d'Afrique du Sud et du Botswana, et donne aux pays un moyen de suivre la propagation du variant sans séquençage génomique.

En revanche, l'un des problèmes majeurs est que de nombreux pays ont encore du mal à disposer de capacités de séquençage génomique. Dans certains pays, les taux de dépistage restent étonnamment bas, ce qui crée des angles morts où de nouveaux variants comme Omicron peuvent se propager sans être détectés. Actuellement, seuls 23 % des tests administrés dans le monde ont été utilisés dans les pays en développement, alors que ces pays représentent la moitié de la population mondiale.